Kütahyas Geschichte reicht siebentausend Jahre zurück, und die Schichten in seinem Boden sind ununterbrochen: Neolithikum, Chalkolithikum, Frühbronzezeit, hethitisch, phrygisch, hellenistisch, römisch, byzantinisch, seldschukisch, germiyanidisch und osmanisch. Antike Quellen nennen sie als Geburtsort des Fabeldichters Äsop, und die Münzen jener Zeit zeigen, dass die Stadt damals Kotiaeion hieß.
Die ältesten Siedler dieses Bodens waren die Phryger, die Ende des 12. Jahrhunderts v. Chr. nach Anatolien einwanderten und die Region nach dem Zusammenbruch des hethitischen Staates übernahmen. Im Jahr 676 v. Chr. schlugen die Kimmerer den phrygischen König Midas III. und wurden Herren von Kütahya und seinem Umland. Die Lyder brachen die kimmerische Herrschaft unter König Alyattes und übernahmen die Macht.
