Die Geschichte Mudanyas reicht bis ins 7. Jahrhundert v. Chr. zurück. Ihr erster Name war Myrleia, und sie wurde von den Kolophoniern gegründet, einem der zwölf ionischen Stadtstaaten.
Woher dieser Name stammt, wird auf zwei Arten diskutiert. Prof. Bilge Umar liest Myrleia als einen Namen, der aus der Zeit vor den griechischen Wanderungen überliefert ist und die Meerenge oder den Pass der großen Muttergöttin bedeutet. Eine andere Studie führt ihn auf einen kolophonischen Herrscher namens Myrlios zurück.
Die Stadt wurde zu Beginn des 3. Jahrhunderts v. Chr. zerstört, eingenommen und niedergebrannt von Prusias, dem König von Bithynien, zusammen mit Philipp von Makedonien. Philipp gab den Bezirk seinem Schwiegersohn, der an der Stelle von Myrleia eine neue Stadt gründete und sie nach seiner Frau Apame, Philipps Tochter, Apameia nannte. Apameia wurde die erste römische Kolonie in Anatolien.
Nach der Niederlage von Mithridates von Pontos blieb die Stadt noch eine Zeit lang unbesiedelt, bis Kaiser Augustus sie zu einem Heeresstützpunkt und einer römischen Kolonie unter dem Namen Colonia Julia Concordia Augusta Apameia machte. Viel später, als der Vierte Kreuzzug 1204 İstanbul einnahm und ein lateinisches Kaiserreich gegründet wurde, gewannen die Kreuzfahrer die Herrschaft über die Marmara-Küste und das Land um Mudanya. Das Waffenstillstandshaus, in dem 1922 das Abkommen von Mudanya unterzeichnet wurde, der Hafen und die Küstendörfer haben jeweils ihre eigene Seite weiter unten.
