Der Name der Stadt erscheint erstmals in Xenophons Anabasis, als Trapezus. Er soll von der Form des alten Zentrums stammen — den Vierteln Orta Hisar und Yukarı Hisar —, das wie ein Tisch liegt. Es gibt auch die vom Kulturministerium überlieferte Ansicht, die Stadt sei von Turkvölkern zentralasiatischer Herkunft gegründet worden, die über den Kaukasus kamen.

Trabzon hielt die wichtigste Verbindung zwischen Europa und Asien auf der Seidenstraße, und deshalb zogen so viele Zivilisationen durch die Stadt. Kolonisten aus Milet, dann die Perser, die Römer, die Byzantiner und die Komnenen herrschten hier alle. Das komnenische Fürstentum Trapezunt, zu Beginn des 13. Jahrhunderts gegründet, bestand mehr als 250 Jahre und endete am 26. Oktober 1461, als Mehmed II. die Stadt einnahm.