История Mudanya уходит в VII век до н. э. Её первое название — Мирлея, а основали город колофонцы, жители одного из двенадцати ионийских городов-государств.

О происхождении этого названия спорят в двух версиях. Проф. Бильге Умар считает, что Мирлея — название, сохранившееся со времён до греческих миграций, и означает пролив или перевал великой богини-матери. Другое исследование связывает его с колофонским правителем по имени Мирлий.

Город был разрушен в начале III века до н. э.: его захватил и сжёг Прусий, царь Вифинии, вместе с Филиппом Македонским. Филипп отдал эту область своему зятю, который основал на месте Мирлеи новый город и назвал его Апамеей в честь своей жены Апамы, дочери Филиппа. Апамея стала первой римской колонией в Анатолии.

После поражения Митридата Понтийского город оставался неспокойным ещё некоторое время, пока император Август не сделал его военной базой и римской колонией под названием Colonia Julia Concordia Augusta Apameia. Гораздо позже, когда Четвёртый крестовый поход захватил İstanbul в 1204 году и была основана Латинская империя, крестоносцы стали господствовать на берегу Мраморного моря и в окрестностях Mudanya. Дом перемирия, в котором в 1922 году было подписано соглашение Mudanya, порт и прибрежные деревни имеют ниже каждый свою страницу.