Раскопки в Urla выявили семь архитектурных слоёв — от среднего халколита до позднеримского периода. Вместе они образуют хронологическую последовательность, важную не только для этого поселения, но и для всего Эгейского мира. Самый ранний слой в настоящее время датируется началом пятого тысячелетия до н. э.
Находки показывают, что с самого начала это был портовый город. Начиная с самых древних культурных слоёв поселение стояло в центре заморской торговли, а в раннем бронзовом веке, когда утвердилась идея планового города, оно приобрело иной характер. В классический период оно называлось Клазомены.
Миграция морских народов, начавшаяся около 1200 г. до н. э., превратила города-государства в самостоятельные центры цивилизации. К VIII веку до н. э. Клазомены завершили своё политическое оформление, заняли место в истории цивилизации и вошли в систему городов-государств.
Начиная с VI века до н. э. город пережил череду вторжений и восстаний, из-за которых люди покинули город на материке и поселились на острове напротив — ныне известном как Karantina Adası. Город на острове, по-видимому, был оставлен в V веке н. э. У Клазомен, раскопанной там мастерской по производству оливкового масла и виноградников полуострова ниже у каждого своя страница.
