Mudanya’nın tarihi MÖ 7. yüzyıla uzanır. İlk adı Myrleia idi ve on iki İyon şehir devletinden biri olan Kolophonlular tarafından kuruldu.
Bu adın nereden geldiği iki biçimde tartışılır. Prof. Bilge Umar, Myrleia’yı Yunan göçlerinden önceden kalma bir ad olarak okur ve büyük ana tanrıçanın boğazı ya da geçidi anlamına geldiğini söyler. Başka bir çalışma ise onu Myrlios adlı bir Kolophonlu hükümdara atfeder.
Kent MÖ 3. yüzyılın başında yıkıldı; Bitinya kralı Prusias, Makedonyalı Philippos ile birlikte onu aldı ve yaktı. Philippos bölgeyi damadına verdi ve damadı Myrleia’nın yerine yeni bir kent kurdu, eşi — Philippos’un kızı — Apame’nin adından hareketle ona Apameia adını verdi. Apameia Anadolu’daki ilk Roma kolonisi oldu.
Pontuslu Mithridates’in yenilgisinden sonra kent bir süre daha düzensiz kaldı; ta ki imparator Augustus onu bir ordu üssü ve Colonia Julia Concordia Augusta Apameia adıyla bir Roma kolonisi yapana kadar. Çok daha sonra, Dördüncü Haçlı Seferi 1204’te İstanbul’u alıp bir Latin imparatorluğu kurulunca, haçlılar Marmara kıyısına ve Mudanya çevresindeki ülkeye hâkim oldu. 1922’de Mudanya Mütarekesi’nin imzalandığı Mütareke Evi, liman ve kıyı köyleri aşağıda her biri kendi sayfasına sahiptir.
