19. yüzyıla kadar Kapadokya'nın geçmişinin MÖ 1. yüzyılda son bulduğu sanılıyordu. Sonra yeni bilimler bu tarihi geriye itti: burada yerleşim izleri artık MÖ 5000 ile 4000 arasına tarihleniyor. Yazı Anadolu'ya, MÖ 2000 dolaylarında bu bölgede ticaret kolonileri kuran Asurlular aracılığıyla ulaştı; Hitit krallığı ise bölgeyi MÖ 1000 dolaylarında elinde tutuyordu.
MÖ 6. yüzyılda Kapadokya, Lidya krallığıyla birleşti ve büyük bir uygarlığa sahne oldu; MÖ 521 dolaylarında Pers egemenliği altına girdi, MÖ 334'te buradan geçen Makedonyalı İskender de bölgeyi aldı ve adına yönetmesi için komutanlarından birini atadı. Bu komutan, I. Ariarathes, MÖ 323'te Kapadokya krallığını kurdu.
O krallığın tam ortasında yer alan Ürgüp en parlak dönemini o zaman yaşadı; belediyenin anlattığına göre o sırada kasabada otuz bine yakın insan yaşıyordu ve belediye Ürgüp'ü Kemerhisar ve Kayseri ile birlikte Kapadokya'nın uygar kentleri arasında sayıyor. Roma, krallığı MÖ 27 dolaylarında istila etti ve onu eyalet yaptı.
Ziyaretçilerin görmeye geldiği manzarayı biçimlendiren Hristiyanlık oldu. MS 53'ten itibaren burada kiliseler ve şapeller oyuldu; bölge, Kudüs'te ve Suriye'de zulüm gören Hristiyanlar için bir sığınak haline geldi: Hititlerin açtığı mağaralar ile volkanik kayanın ve erozyonun oyduğu vadilerin ikisi de saklanma yeri oldu. 336'da din özgürlüğü tanındığında inanç Kapadokya'da hızla yayıldı ve bölge, sütunların üzerinde yaşamak üzere çekilen rahipler için bir merkez oldu. Bugün ziyaret edilebilen kiliselerin çoğu MS 5. yüzyıldan itibaren inşa edildi ve ikonoklazmın sona erdiği 842'den sonra boyanmaya başlandı. Selçuklu devleti Moğol akınları sonucunda yıkılınca bölge Karamanoğulları beyliğine geçti ve kiliselerin ve manastırların yanına camiler ve kervansaraylar yapıldı.
