Eski Anadolu kentlerinin çoğunun bir kurucu tanrısı ya da kahramanı — bir ktistes — vardı ve Amasya da bunlardan biridir. MS 193’ten 211’e kadar hüküm süren İmparator Septimius Severus döneminde basılan bir kent sikkesinde ERMHC KTICAC THN POLIN yazısı bulunur; buna dayanarak Hermes’in Amasya’nın kurucu tanrısı olduğu kabul edilir.
Adın kendisi her yöneticiyle değişmiştir. Hitit belgeleri bilinen ilk adın Hakmiş olduğunu, bunun herhâlde Pers fethine kadar sürdüğünü düşündürür. Pontus Krallığı döneminde kent Amasseia’ydı: sözcük, MÖ 2. yüzyıldan itibaren basılan kent sikkelerinde açıkça görülür ve burada doğan coğrafyacı Strabon da Amaseia biçimini kullanır.
Bu ad bir tanrıçaya işaret eder. Amaseia, ana anlamına gelen ve özellikle Ana Tanrıça’yı belirten Ama ile onun Mâ biçimiyle ilişkilidir; dolayısıyla sözcük Ana Tanrıça Mâ’nın kenti olarak okunabilir. Mâ, Anadolu’nun Pers fethinden sonra kültü yayılan doğulu bir tanrıçaydı ve aynı zamanda Pontos ile Kapadokya’nın yerel tanrıçasıydı. Amaseia biçimi, Pers dönemi telaffuzunun Yunan ağzına uydurulmuş hâlidir.
