Kilis uzun bir halk dizisine — Babilliler, Hititler, Hurriler ve Mitanniler, Aramiler, Asurlular, Persler, Makedonlar, Romalılar, Bizanslılar, Selçuklular, Memlükler ve Osmanlılar — ev sahipliği yapmıştır; çünkü buranın toprağı yerleşmeye elverişlidir. Kent merkezinin yaklaşık beş kilometre güneydoğusundaki Oylum Höyük kazısı, ilçenin tarihini MÖ 3500 ile 3000 arasındaki Geç Kalkolitik’e götürür.
Hitit kayıtları ilçeyi yaklaşık MÖ 1460’ta Halep Krallığı’nın altına yerleştirir. Sonraki yüzyıllarda, doğuya genişlemesi sürerken Makedonyalı İskender’in topraklarının içine girdi ve onun MÖ 323’teki ölümünden sonra yaklaşık 227 yıl Selevkoslar’ın elinde kaldı.
Roma, Kilis’i ve ilçesini MÖ 64’te ilhak etti ve Roma yönetiminde yer Ciliza sive Urmagiganti diye anıldı. İmparatorluk 395’te bölününce doğu yakasında kaldı ve Halep’le birlikte Bizans’ın Suriye temasına bağlandı.
