La historia de Kütahya se remonta siete mil años, y las capas de su suelo no se interrumpen: Neolítico, Calcolítico, Bronce Antiguo, hitita, frigia, helenística, romana, bizantina, selyúcida, germiyánida y otomana. Las fuentes antiguas la señalan como lugar de nacimiento del fabulista Esopo, y las monedas de la época muestran que entonces la ciudad se llamaba Kotiaeion.

Los primeros pobladores de este suelo fueron los frigios, que emigraron a Anatolia a finales del siglo XII a. C. y se hicieron con la región tras el colapso del Estado hitita. En el 676 a. C. los cimerios derrotaron al rey frigio Midas III y se hicieron dueños de Kütahya y su comarca. Los lidios pusieron fin al dominio cimerio bajo el rey Aliates y tomaron el relevo.