Malatya se encuentra en el oeste de Anatolia oriental, en una encrucijada donde los caminos que van de este a oeste se cruzan con los que van de norte a sur. Como aquí se cruzan las rutas comerciales de Asia Central, Oriente Próximo y Mesopotamia, y como la ciudad domina el paso hacia el oeste, ha sido un asentamiento importante en todos los períodos de la historia.
Su historia se remonta nueve mil años, según las pruebas de las excavaciones de Cafer Höyük, un yacimiento que hoy está bajo las aguas de la presa de Karakaya. La ocupación llega hasta el Paleolítico, y hubo asentamiento durante el Neolítico, el Calcolítico y la Edad del Bronce.
