La historia de Mudanya se remonta al siglo VII.º a. C. Su primer nombre fue Myrleia, y fue fundada por los colofonios, una de las doce ciudades-estado jonias.
El origen de ese nombre se explica de dos maneras. El prof. Bilge Umar interpreta Myrleia como un nombre que sobrevive de antes de las migraciones griegas y que significaría el estrecho o paso de la gran diosa madre. Otro estudio lo atribuye a un gobernante colofonio llamado Myrlios.
La ciudad fue destruida a comienzos del siglo III.º a. C.: Prusias, rey de Bitinia, la tomó y la incendió junto con Filipo de Macedonia. Filipo entregó el distrito a su yerno, que fundó una nueva ciudad en lugar de Myrleia y la llamó Apameia, en honor de su esposa Apame, hija de Filipo. Apameia se convirtió en la primera colonia romana de Anatolia.
Tras la derrota de Mitrídates del Ponto, la ciudad siguió inestable durante algún tiempo más, hasta que el emperador Augusto la convirtió en base militar y colonia romana con el nombre de Colonia Julia Concordia Augusta Apameia. Mucho después, cuando la Cuarta Cruzada tomó İstanbul en 1204 y se fundó un imperio latino, los cruzados llegaron a dominar la costa del Mármara y la región en torno a Mudanya. La casa del armisticio donde se firmó el acuerdo de Mudanya en 1922, el puerto y las aldeas costeras tienen cada uno su propia página más abajo.
