Las excavaciones de Urla han identificado siete niveles arquitectónicos que van desde el Calcolítico Medio hasta la época romana tardía. En conjunto forman una secuencia cronológica que importa no solo para este asentamiento, sino para el mundo egeo en su totalidad. El nivel más antiguo se data actualmente a comienzos del quinto milenio a. C.
Lo que muestran los hallazgos es una ciudad portuaria desde el principio. Desde sus niveles culturales más antiguos, el asentamiento estuvo en el centro del comercio de ultramar y, en la Edad del Bronce Antiguo, cuando cobró fuerza la idea de una ciudad planificada, adquirió un carácter distinto. En el período clásico se llamaba Clazómenas (Klazomenai).
La migración de los Pueblos del Mar, que comenzó hacia el 1200 a. C., convirtió a las ciudades-estado en centros de civilización por derecho propio. En el siglo VIII a. C. Clazómenas había completado su formación política, ocupado su lugar en la historia de la civilización e ingresado en el sistema de ciudades-estado.
A partir del siglo VI a. C. sufrió una serie de invasiones y levantamientos y, a causa de ellos, la población abandonó la ciudad de tierra firme y se asentó en la isla de enfrente, conocida hoy como Karantina Adası. La ciudad de la isla parece haberse abandonado en el siglo V d. C. Clazómenas, el taller de aceite de oliva excavado allí y los viñedos de la península tienen cada uno su propia página a continuación.
