Hasta el siglo XIX se creía que el pasado de Capadocia se detenía en el siglo I a. C. Luego las nuevas ciencias lo retrasaron: aquí hoy son visibles huellas de asentamiento hacia 5000 a 4000 a. C. La escritura llegó a Anatolia a través de los asirios, que fundaron colonias comerciales en esta región hacia 2000 a. C., y el reino hitita la dominó hacia 1000 a. C.
En el siglo VI a. C. Capadocia se unió al reino de Lidia y se convirtió en el escenario de una gran civilización; cayó bajo dominio persa hacia 521 a. C., y Alejandro de Macedonia, al pasar por ella en 334 a. C., la tomó y nombró a uno de sus comandantes para gobernarla en su nombre. Ese comandante, Ariarates I, fundó el reino de Capadocia en 323 a. C.
Ürgüp, que se encuentra en medio de ese reino, vivió entonces su período más brillante: según el relato del municipio, la ciudad tenía casi treinta mil habitantes en aquella época, y cuenta a Ürgüp junto con Kemerhisar y Kayseri entre las ciudades civilizadas de Capadocia. Roma invadió el reino hacia 27 a. C. y lo convirtió en provincia.
El cristianismo es lo que dio forma al paisaje que los visitantes vienen a ver. Desde el año 53 d. C. se excavaron aquí iglesias y capillas, y el distrito se convirtió en refugio de los cristianos perseguidos en Jerusalén y Siria: tanto las cuevas que los hititas habían excavado como los valles tallados por la roca volcánica y la erosión sirvieron de escondite. Cuando se concedió la libertad religiosa en 336, la fe se extendió rápidamente por Capadocia, y la región se convirtió en un centro para sacerdotes que se retiraban a vivir sobre columnas. Muchas de las iglesias que pueden visitarse hoy se construyeron a partir del siglo V y comenzaron a pintarse después de que terminara la iconoclasia en 842. Tras la caída del Estado selyúcida a causa de las incursiones mongolas, el distrito pasó al principado de Karamán, y se construyeron mezquitas y caravasares junto a las iglesias y los monasterios.
