L'histoire de Mudanya remonte au VIIe siècle av. J.-C. Son premier nom était Myrleia, et elle fut fondée par les Colophoniens, l'une des douze cités-États ioniennes.
L'origine de ce nom fait l'objet de deux explications. Le professeur Bilge Umar lit Myrleia comme un nom antérieur aux migrations grecques, signifiant le détroit ou le passage de la grande déesse mère. Une autre étude l'attribue à un souverain colophonien appelé Myrlios.
La ville fut détruite au début du IIIe siècle av. J.-C., prise et incendiée par Prusias, roi de Bithynie, avec Philippe de Macédoine. Philippe donna la région à son gendre, qui fonda une nouvelle ville à la place de Myrleia et l'appela Apameia, du nom de son épouse Apame, fille de Philippe. Apameia devint la première colonie romaine d'Anatolie.
Après la défaite de Mithridate du Pont, la ville resta encore un temps instable, jusqu'à ce que l'empereur Auguste en fasse une base militaire et une colonie romaine sous le nom de Colonia Julia Concordia Augusta Apameia. Bien plus tard, lorsque la quatrième croisade prit İstanbul en 1204 et qu'un empire latin fut fondé, les croisés en vinrent à dominer le littoral de la Marmara et le pays autour de Mudanya. La maison de l'armistice où l'accord de Mudanya fut signé en 1922, le port et les villages côtiers ont chacun leur propre page ci-dessous.
