Les fouilles d’Urla ont mis au jour sept niveaux architecturaux, du Chalcolithique moyen à la fin de l’époque romaine. Ensemble, ils forment une séquence chronologique qui compte non seulement pour cette localité mais pour l’ensemble du monde égéen. Le niveau le plus ancien est actuellement daté du début du cinquième millénaire av. J.-C.
Ce que montrent les trouvailles, c’est une ville portuaire dès l’origine. Depuis ses plus anciens niveaux culturels, la localité se trouvait au cœur du commerce outre-mer, et à l’âge du bronze ancien, alors que l’idée d’une ville planifiée s’imposait, elle prit un autre caractère. À l’époque classique, elle s’appelait Clazomènes.
La migration des Peuples de la mer, qui débuta vers 1200 av. J.-C., fit des cités-États des centres de civilisation à part entière. Au VIIIe siècle av. J.-C., Clazomènes avait achevé sa formation politique, pris sa place dans l’histoire de la civilisation et rejoint le système des cités-États.
À partir du VIe siècle av. J.-C., elle subit une série d’invasions et de soulèvements, à cause desquels les habitants abandonnèrent la ville de la terre ferme pour s’installer sur l’île qui lui fait face — connue aujourd’hui sous le nom de Karantina Adası. La ville de l’île semble avoir été abandonnée au Ve siècle apr. J.-C. Clazomènes, l’atelier d’huile d’olive qui y a été fouillé et les vignobles de la péninsule ont chacun leur propre page ci-dessous.
